Специальный отдел создан на основании решения Ученого Совета УлГУ от 25 ноября 2009 года (протокол № 4/154), приказа ректора от 11 декабря 2009 года № 876, путем реорганизации отдела по специальной и мобилизационной работе Управления по защите ресурсов УлГУ и создания специального отдела и мобилизационного отдела с выводом из состава Управления по защите ресурсов УлГУ и прямым подчинением ректору, с 01 декабря 2009 года. Деятельность отдела направлена на осуществление мероприятий по защите государственной тайны.

Основные задачи отдела:

• Обеспечение установленного в университете режима секретности;
• Ведение секретного делопроизводства.